Hệ thống thông tin giám định BHYT gồm Cổng tiếp nhận và Phần mềm Giám định BHYT và phần mềm Giám sát. Theo đó, Cổng tiếp nhận là nơi trao đổi, liên thông dữ liệu giữa cơ sở KCB và cơ quan BHXH, cung cấp các công cụ như tra cứu thông tin thẻ BHYT; lịch sử điều trị của bệnh nhân; gửi các danh mục sử dụng cho người bệnh và dữ liệu đề nghị thanh toán BHYT từ cơ sở KCB; tiếp nhận kết quả giám định danh mục, kết quả giám định hồ sơ đề nghị thanh toán từ cơ quan BHXH; chức năng cấp chứng từ nghỉ việc hưởng BHXH để quản lý.
Phần mềm Giám định được xây dựng theo quy trình giám định BHYT ban hành theo Quyết định số 1456/QĐ-BHXH có 192 chức năng thuộc 12 quy trình nghiệp vụ. Các hồ sơ đề nghị thanh toán được giám định điện tử 100% qua hơn 300 quy tắc giám định tự động phát hiện các hồ sơ trùng lặp, sai mức hưởng, sai danh mục, sai giá, sai so với các quy định của Bộ Y tế về KCB, thống kê thanh toán BHYT... từ chối trực tiếp hoặc yêu cầu BHXH tỉnh thực hiện giám định chủ động trên hồ sơ bệnh án.
Phần mềm Giám sát cung cấp các chức năng theo dõi, hiển thị bằng các bản đồ, biểu đồ trực quan. Các báo cáo được tự động cập nhật hàng ngày giúp BHXH Việt Nam và BHXH các tỉnh có thông tin cập nhật, tổng quan, theo dõi tình hình sử dụng quỹ BHYT, thực hiện dự toán, đánh giá mức độ gia tăng tần suất KCB, chi phí ở từng tuyến, hạng bệnh viện và từng cơ sở y tế, quản lý cung ứng và thanh toán thuốc ARV; theo dõi sử dụng và điều tiết thuốc đấu thầu tập trung quốc gia…, qua đó dễ dàng nhận định và phát hiện nhanh chóng các biến động, diễn biến giữa các kỳ, các tháng ở tất cả các cơ sở y tế.
Phần mềm còn có các chức năng cảnh báo trục lợi từ người tham gia BHYT, cơ sở y tế như KCB nhiều lần, thu dung bệnh nhân, KCB sau tử vong...; đồng thời thường xuyên cập nhật các yêu cầu kiểm tra, giám sát từ Trung ương đến địa phương.
Năm 2017, Hệ thống thông tin giám định BHYT đã tiếp nhận dữ liệu của 168,89 triệu lượt KCB BHYT, tỷ lệ liên thông trên 95%; năm 2018 tiếp nhận dữ liệu của 176,46 triệu lượt KCB với chi phí đề nghị thanh toán trên 98.139,4 tỷ đồng, tỷ lệ liên thông đạt 98,02%; năm 2019 tiếp nhận dữ liệu của 184,52 triệu lượt KCB với chi phí đề nghị thanh toán trên 105,79 tỷ đồng, tỷ lệ liên thông đạt 98,39%.
Với việc ứng dụng Hệ thống, hầu hết các quy trình nghiệp vụ đã được tự động hoá bằng các chức năng của phần mềm, qua đó nâng cao chất lượng các nghiệp vụ đồng thời giúp giảm hàng trăm giờ làm việc của cán bộ giám định. Phần lớn các nghiệp vụ đã tự động hoá toàn bộ như kiểm tra thông tin, giá trị sử dụng thẻ BHYT; kiểm tra tính chính xác của dữ liệu đề nghị thanh toán; giám định danh mục thuốc, vật tư y tế và dịch vụ kỹ thuật; giám định tỷ lệ, thông báo kết quả giám định, thanh toán đa tuyến; lập báo cáo quyết toán và thẩm định quyết toán.
Năm 2017, Hệ thống ghi nhận kết quả giám định giảm trừ số chi không hợp lý trên 2.584 tỷ đồng, gấp gần 4 lần khi chưa áp dụng giám định điện tử. Năm 2018, số tiền giảm trừ là 2.268,8 tỷ đồng. Năm 2019, số tiền giảm trừ là 1.248,85 tỷ đồng.
Dữ liệu kết xuất từ Hệ thống được các đơn vị của BHXH Việt Nam chủ động khai thác, phân tích số liệu từ Hệ thống để thực hiện các nghiệp vụ kiểm toán, kiểm tra, thẩm định quyết toán chi KCB BHYT.
Trong 3 năm từ 2017 đến nay Trung tâm đã xây dựng trên 120 chuyên đề để BHXH tỉnh tập trung kiểm tra, rà soát, xử lý các trường hợp thanh toán sai quy định như tách, thanh toán dịch vụ nằm trong quy trình kỹ thuật, thanh toán trùng lặp, chỉ định xét nghiệm cận lâm sàng ngoại trú rộng rãi; sử dụng thuốc bổ trợ, thuốc chế phẩm y học cổ truyền quá mức cần thiết; kéo dài ngày điều trị ở một số bệnh lý điển hình; các hiện tượng khám lấy thuốc nhiều lần, sử dụng thông tin thẻ để lấy thuốc..., thu hồi 397,2 tỷ đồng.
Với các thông tin được cập nhật, công khai minh bạch thường xuyên, nhiều cơ sở KCB đã có những chuyển biến tích cực trong chỉ định điều trị, góp phần tiết giảm các khoản chi không cần thiết. So với năm 2017, các chỉ tiêu chi bình quân toàn quốc năm 2018 về xét nghiệm giảm 6,44%, chẩn đoán hình ảnh giảm 4,1%, khám giảm 11,42%, ngày giường giảm 2,17%, ngày điều trị bình quân giảm 4,17%, tỷ lệ vào điều trị nội trú giảm 1,1%; năm 2019 so với năm 2018 bình quân xét nghiệm giảm 1,23%, chẩn đoán hình ảnh giảm 2,38%, thuốc giảm 0,35%, ngày điều trị bình quân giảm 7,54%, giúp tiết kiệm hàng trăm tỷ đồng chi KCB mỗi năm.
Hệ thống thông tin giám định BHYT qua hơn ba năm hoạt động đã đạt được những kết quả bước đầu, góp phần thay đổi ý thức, nâng cao trách nhiệm quản lý quỹ BHYT không chỉ của ngành BHXH mà cả ngành y tế đặc biệt là các cơ sở y tế, đạt được mục tiêu Quốc hội yêu cầu “Trước năm 2018, hoàn thành việc liên thông hệ thống phần mềm CNTT giữa cơ quan BHXH và cơ sở khám, chữa bệnh nhằm cải tiến TTHC trong khám, chữa bệnh, nâng cao hiệu quả công tác giám định BHYT, quản lý, sử dụng quỹ BHYT".