Giáo hội Phật giáo Việt Nam thành lập ngày 7/11/1981 tại Hà Nội nhằm thống nhất tất cả sinh hoạt Phật giáo của tăng ni, phật tử Việt Nam sau thời gian vận động thống nhất các tổ chức, hệ phái trong cả nước.
Pháp chủ của Giáo hội Phật giáo Việt Nam hiện nay là Đại lão Hòa thượng Thích Phổ Tuệ. Ông viên tịch lúc 3h22 ngày 21/10/2021.
Ngoài Văn phòng Trung ương Giáo hội đặt tại Chùa Quán Sứ thì Văn phòng Thường trực của Giáo hội tại TP.HCM đặt tại Thiền viện Quảng Đức.
Theo Hiến chương mới nhất Giáo hội Phật giáo Việt Nam sửa đổi lần thứ VI được thông qua tại Đại hội Đại biểu Phật giáo Toàn quốc lần thứ VIII, nhiệm kỳ 2017 - 2022, hệ thống tổ chức của Giáo hội Phật giáo Việt Nam quy định như sau:
Cấp Trung ương có Hội đồng Chứng minh và Hội đồng Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam.
Cấp tỉnh, thành phố có Ban Chứng minh và Ban Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam tỉnh, thành phố.
Cấp quận, huyện, thị xã, thành phố thuộc tỉnh có Ban Chứng minh và Ban Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam quận, huyện, thị xã, thành phố trực thuộc tỉnh.
Phật giáo hiện nay ở Việt Nam có khoảng 17.000 cơ sở tôn giáo và trên 50.000 tăng ni
Trong đó, Hội đồng Chứng minh của Giáo hội gồm chư vị Hòa thượng tiêu biểu của Giáo hội Phật giáo Việt Nam; có ít nhất 70 tuổi đời và 50 tuổi đạo; được Ban Thường trực Hội đồng Chứng minh tiền nhiệm giới thiệu và Đại hội Đại biểu toàn quốc Giáo hội Phật giáo Việt Nam suy tôn.
Đây là cơ quan lãnh đạo tối cao về Đạo pháp và Giới luật của Giáo hội Phật giáo Việt Nam. Hội đồng Chứng minh suy cử Ban Thường trực Hội đồng Chứng minh để thực thi các chức năng, nhiệm vụ của Hội đồng Chứng minh giữa hai kỳ Đại hội Đại biểu Phật giáo toàn quốc; giám sát và chứng minh các hoạt động Phật sự của các cấp Giáo hội.
Ban Thường trực Hội đồng Chứng minh gồm các chức danh: Đức Pháp chủ; Chư vị Phó Pháp chủ; Chư vị Giám luật; Chánh Thư ký; Chư vị Phó Thư ký; Chư vị Ủy viên Thường trực. Số lượng thành viên Ban Thường trực Hội đồng Chứng minh thực hiện theo quy chế hoạt động của Ban Thường trực Hội đồng Chứng minh.
Bên cạnh đó, Hội đồng Trị sự là cơ quan điều hành, quản lý hành chính cao nhất của Giáo hội Phật giáo Việt Nam về mọi mặt hoạt động giữa hai nhiệm kỳ. Nhiệm kỳ của Hội đồng Trị sự là 5 năm tương ứng với kỳ Đại hội Đại biểu Phật giáo toàn quốc.
Hội đồng Trị sự ban hành quy định chi tiết về thủ tục và tiêu chí suy cử, bãi miễn thành viên Hội đồng Trị sự, thành viên Ban Trị sự cấp tỉnh và thành viên Ban Trị sự cấp huyện, đệ trình Ban Thường trực Hội đồng Chứng minh ấn chứng.
Thành viên tham gia Hội đồng Trị sự không quá 80 tuổi; mỗi thành viên không kiêm nhiệm quá 2 chức danh trong Ban Thường trực Hội đồng Trị sự; mỗi chức danh không quá 3 nhiệm kỳ. Chủ tịch Hội đồng Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam, Trưởng Ban, Viện Trung ương phải là một Tăng sĩ.
Đối với chức danh chủ chốt cần phải thêm nhiệm kỳ công tác so với quy định, Ban Thường trực Hội đồng Trị sự khóa tiền nhiệm sẽ giới thiệu, được Hội đồng Trị sự chấp thuận với đa số và 2/3 tổng số đại biểu chính thức tham dự Đại hội biểu quyết tán thành, nhưng không quá 1 nhiệm kỳ.
Trong đó, Ban Thường trực Hội đồng Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam là cơ quan Thường trực của Hội đồng Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam, được Ban Thường trực Hội đồng Chứng minh, Hội đồng Trị sự ủy quyền để thay mặt lãnh đạo, quản lý, điều hành hoạt động Phật sự của các cấp Giáo hội trên mọi công tác đối nội, đối ngoại; được thực hiện tất cả các chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Hội đồng Trị sự.
Ban Thường trực Hội đồng Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam gồm các chức danh: Chủ tịch; 2 Phó Chủ tịch Thường trực; các Phó Chủ tịch chuyên trách; Tổng Thư ký; 2 Phó Tổng Thư ký; Trưởng Ban Tăng sự; Trưởng Ban Giáo dục Phật giáo; Trưởng Ban Hướng dẫn Phật tử; Trưởng Ban Hoằng pháp; Trưởng Ban Nghi lễ; Trưởng Ban Văn hóa; Trưởng Ban Kinh tế Tài chính; Trưởng Ban Từ thiện Xã hội; Trưởng Ban Phật giáo Quốc tế; Trưởng Ban Thông tin Truyền thông; Trưởng Ban Pháp chế; Trưởng Ban Kiểm soát; Viện trưởng Viện Nghiên cứu Phật học Việt Nam; các Ủy viên Thư ký chuyên trách; 2 Ủy viên Thủ quỹ; các Ủy viên Thường trực.
Cũng theo Hiến chương, mỗi tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương theo địa giới hành chính, được sự chấp thuận của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền thì được thành lập tổ chức Giáo hội cấp tỉnh, thành phố, với danh xưng: Giáo hội Phật giáo Việt Nam tỉnh, thành phố (gọi chung là cấp tỉnh).
Giáo hội Phật giáo Việt Nam cấp tỉnh do Đại hội Đại biểu Giáo hội Phật giáo Việt Nam cùng cấp suy cử Ban Trị sự để điều hành Phật sự. Ban Trị sự là cơ quan hành chính, điều hành, quản lý trực tiếp mọi mặt hoạt động Phật sự của Giáo hội Phật giáo Việt Nam trong địa bàn tỉnh.
Nhân sự Ban Trị sự cấp tỉnh là tăng ni, cư sĩ phật tử tại địa phương có uy tín, năng lực làm việc, đạo hạnh tốt, có công đức đối với Đạo pháp và Dân tộc. Trong trường hợp cần thiết, Ban Thường trực Hội đồng Trị sự sẽ công cử thành viên Ban Thường trực Hội đồng Trị sự đảm nhiệm chức vụ Trưởng ban Ban Trị sự cấp tỉnh.
Ngoài ra, các quận, huyện, thị xã, thành phố thuộc tỉnh theo địa giới hành chính, được sự chấp thuận của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền thì được thành lập tổ chức Giáo hội cấp quận, huyện, thị xã, thành phố, với danh xưng: Giáo hội Phật giáo Việt Nam quận, huyện, thị xã, thành phố (gọi chung là cấp huyện).
Giáo hội Phật giáo Việt Nam cấp huyện do Đại hội Đại biểu Giáo hội Phật giáo Việt Nam cùng cấp suy cử Ban Trị sự để điều hành Phật sự. Ban Trị sự cấp huyện là cơ quan hành chính, điều hành, quản lý trực tiếp mọi mặt hoạt động Phật sự của Giáo hội tại địa phương.
Hiện nay, hoạt động dưới sự chỉ đạo của Giáo hội là khoảng 17.000 cơ sở tôn giáo như các chùa, thiền viện, tự viện, tịnh xá, tịnh thất... và trên 50.000 tăng ni tại tất cả các tỉnh, thành trên toàn quốc.