Thông tư quy định rõ người nộp phí bao gồm các tổ chức, cá nhân sản xuất, kinh doanh, nhập khẩu, xuất khẩu thực phẩm khi nộp hồ sơ đề nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền thẩm định cấp phép lưu hành, nhập khẩu, xác nhận, công bố trong lĩnh vực an toàn thực phẩm; thẩm định cấp giấy chứng nhận đối với thực phẩm xuất khẩu; thẩm định cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện an toàn thực phẩm; thẩm định nội dung kịch bản phim, chương trình trên băng, đĩa, phần mềm, trên các vật liệu khác và tài liệu trong quảng cáo thực phẩm, phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến thuộc lĩnh vực y tế.
Ngoài ra còn áp dụng đối với tổ chức chứng nhận hợp quy, cơ quan, tổ chức được chỉ định kiểm tra nhà nước về an toàn thực phẩm nhập khẩu, cơ sở kiểm nghiệm khi nộp hồ sơ đề nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền thẩm định điều kiện cơ sở kiểm nghiệm, tổ chức chứng nhận hợp quy và kiểm tra nhà nước về thực phẩm.
Tổ chức thu phí theo quy định tại Thông tư này gồm Bộ Y tế (Cục An toàn thực phẩm), Bộ Công Thương, Sở Công Thương, Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm và các tổ chức khác (cơ quan nhà nước, đơn vị sự nghiệp công lập).
Theo biểu phí trong công tác An toàn thực phẩm được quy định trong thông tư, phí Thẩm định hồ sơ đăng ký bản công bố sản phẩm đối với thực phẩm bảo vệ sức khỏe, thực phẩm dinh dưỡng y học, thực phẩm dùng cho chế độ ăn đặc biệt, sản phẩm dinh dưỡng dùng cho trẻ đến 36 tháng tuổi là 1,5 triệu đồng/ sản phẩm.
Phí thẩm định hồ sơ đăng ký bản công bố sản phẩm đối với phụ gia thực phẩm hỗn hợp có công dụng mới, phụ gia thực phẩm không thuộc trong danh sách mục phụ gia được phép sử dụng trong thực phẩm hoặc không đúng đối tượng sử dụng do Bộ Y tế quy định là 500.000 đồng/ sản phẩm.
Đối với hàng thực phẩm nhập khẩu (chưa bao gồm chi phí kiểm nghiệm), phi kiểm tra là từ 300.000 - 10 triệu đồng/lô hàng.
Phí Thẩm định cấp giấy chứng nhận đối với thực phẩm xuất khẩu (Giấy chứng nhận lưu hành tự do, giấy chứng nhận xuất khẩu, giấy chứng nhận y tế) là 1 triệu đồng/lần.
Đối với dịch vụ thẩm định điều kiện hành nghề, kinh doanh thuộc lĩnh vực an toàn thực phẩm, phí Thẩm định cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện an toàn thực phẩm là từ 500.000 đồng - 28,5 triệu đồng/ cơ sở.
Mức phí cho Thẩm định nội dung kịch bản phim, chương trình trên băng, đĩa, phần mềm, trên các vật liệu khác và tài liệu trong quảng cáo thực phẩm, phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến thuộc lĩnh vực y tế 1,1 triệu đồng/lần/sản phẩm.