Theo kết luận điều tra, cuối tháng 6/2016, sau khi thấy kết quả kinh doanh của Tổng Công ty Nông nghiệp Sài Gòn - SAGRI vượt chỉ tiêu do UBND TP.HCM giao, Lê Tấn Hùng (Tổng Giám đốc SAGRI) gọi điện cho Trần Văn Trường, Giám đốc Công ty VYC và mời Trường đến trụ sở SAGRI (số 198 Điện Biên Phủ, quận Bình Thạnh) để trao đổi.
Tại đây, giữa Hùng và Nguyễn Thị Thuý (Trưởng phòng Tài chính Kế toán kiêm Kế toán trưởng SAGRI) trao đổi với Trường thống nhất lên chương trình ký hợp đồng đi nước ngoài học tập kinh nghiệm giá trị khoảng 5 tỷ đồng.
Bị can Nguyễn Thị Thuý.
Theo Cơ quan điều tra, ngày 20/9/2016, Trường sử dụng địa chỉ email saigontruong@yahoo.com, viết email gửi vào địa chỉ thuynguyen.111066@yahoo.com.vn của Thuý với nội dung: “Do số tiền khá nhiều và cần rải ra nhiều đợt, sau khi cân đối thì bên em dự kiến sẽ làm hợp đồng chia làm các gói nhỏ và nội dung chi phí như sau: tất cả các chương trình sẽ thể hiện là sự tham quan, học tập tại các nước ở khu vực gồm 6 đoàn… tổng cộng 5.525.000.000 đồng. Chị Thuý xem lại dùm em là nội dung và thời gian phân bổ như thế có ổn chưa nhé. Như vậy số tiền tối đa bên em có thể làm hợp đồng với bên chị là 5.527.000.000 đồng. Nếu chị không cần hết số tiền này thì bên em có thể điều chỉnh chỉ còn 5 tỷ thôi. Do thời gian cũng khá gấp, chị xem sớm dùm bên em. Nếu nội dung ok thì bên em sẽ làm hợp đồng và nội dung chương trình gửi cho chị để mình tiến hành chuyển tiền nhé…”.
Ngày 21/9/2016, Thuý gửi email lại cho Trường với nội dung: “Sau khi xem xét kế hoạch tổ chức các đợt học tập kinh nghiệm, xin có một số nội dung sau: Tổng số tiền trên 5 tỷ là ok, các đoàn đi theo thời gian anh Trường điều chỉnh lại cho phù hợp hơn, cụ thể: Đoàn 1, đoàn 2 và Đoàn 3 đi sát ngày nhau quá và lại dồn giá trị lớn vào trong tháng 9: trên 3,7 tỷ đồng; Đoàn 5 đoàn 6 lại đi cùng một ngày 25/10. Theo Thuý có thể chuyển bớt các đợt sang tháng 11”.
Bị can Trần Văn Trường.
Ngày 23/9/2016, Trường gửi email trả lời Thuý với nội dung: “Do tháng 11 và tháng 12 là mùa thấp điểm, khả năng giải quyết hợp đồng trong giai đoạn này rất ít, vì vậy chị xem cố gắng xử lý trong giai đoạn này sớm giúp em, nếu cần thì bên em ký hợp đồng lùi lại cho chị, chứ nếu dời sang tháng 11, 12 thì giá hợp đồng sẽ giảm xuống rất thấp”.
Đến ngày 5/10/2016, Thuý đã chuyển tiếp nội dung trao đổi giữa Thuý và Trường cho Nguyễn Thị Tuyết Mai (Trưởng phòng Nhân sự hành chính SAGRI) sử dụng địa chỉ email mai.kha80@yahoo.com.vn và đề nghị Mai: “Em xem lại và liên hệ với Trường để hoàn thiện các hợp đồng du lịch”.
Bị can Nguyễn Thị Tuyết Mai.
Sau đó, Mai, Trường và Đỗ Sĩ Hoài Thanh (Kế toán trưởng Công ty VYC) đã trao đổi nhiều lần qua email về nội dung các hợp đồng. Đến ngày 17/11/2016 thì kết thúc trao đổi và các bên thống nhất ký 6 hợp đồng trị giá 4.970.000.000 đồng.
Thực hiện những thảo thuận trên, Trần Văn Trường và Lê Tấn Hùng đã ký 6 hợp đồng với tổng số tiền 4.970.000.000 đồng.
Như VTC News đưa tin, từ 25/11 đến 9/12/2016, Lê Tấn Hùng và Nguyễn Thị Thuý đã ký 6 lệnh chi chuyển cho Công ty VYC số tiền 4.970.900.000 đồng, tương ứng theo giá trị 6 hợp đồng.
Ngày 27/1/2016, theo chỉ đạo của Hùng, Mai đã chỉ đạo Lê Thị Diệp Cẩm và Nguyễn Thị Thuý đến Công ty VYC nhận tiền theo thoả thuận. Sau khi nhận được tiền, Thuý cùng Cẩm đến ngân hàng Sacombank (Quận 1, TP.HCM) mở sổ tiết kiệm. Tiếp đó, Hùng chỉ đạo Thuý, Mai, Cẩm rút toàn bộ số tiền đã gửi tiết kiệm.
Theo kết luận của Cơ quan CSĐT Bộ Công an, hành vi của Lê Tấn Hùng phạm tội tham ô tài sản và vi phạm quy định quản lý sử dụng tài sản gây thất thoát lãng phí.
Trước đó, cơ quan điều tra đã khởi tố 17 bị can trong vụ án này, tuy nhiên trong quá trình điều tra, ông Nguyễn Thành Mỹ đã qua đời do mắc bệnh hiểm nghèo nên cơ quan điều tra đình chỉ điều tra đối với bị can này.