Ở lượt đấu cuối bảng C, vòng loại U21 Quốc gia 2020, U21 HAGL gặp U21 SLNA. Dù được chơi trên sân nhà nhưng U21 HAGL là đội để thủng lưới trước ở phút 26. Đến phút 43, Lê Minh Bình mới quân bình tỷ số 1-1 cho U21 HAGL.
Tuy nhiên, đầu hiệp 2, đội bóng trẻ phố Núi lại để thủng lưới. Người ghi bàn cho U21 SLNA là Lê Thành Lâm.
U21 HAGL không vượt qua vòng loại U21 Quốc gia 2020.
Phút 62, Nguyễn Văn Văn một lần nữa đưa trận đấu trở lại vạch xuất phát với bàn thắng gỡ hòa 2-2 cho đội chủ nhà. Nhưng đến phút 86, Trần Mạnh Quỳnh ghi bàn thắng ấn định tỷ số 3-2 cho U21 SLNA.
Kết quả này khiến U21 HAGL rơi xuống vị trí thứ 3 trên bảng xếp hạng khi chỉ có được 4 điểm sau 3 lượt trận và bị loại khỏi giải U21 Quốc gia 2020. Hai đội giành vé dự vòng chung kết của bảng C là U21 Công an Nhân dân (7 điểm, nhất bảng) và SLNA (6 điểm, nhì bảng).
Không giành vé dự vòng chung kết U21 Quốc gia 2020 còn có đương kim vô địch - U21 Hà Nội. Đội bóng trẻ nhà bầu Hiển nằm ở bảng A và có cùng 5 điểm như Nam Định và Viettel nhưng vẫn bị loại vì hiệu số đối đầu. U21 Nam Định nhất bảng (hòa Hà Nội 1-1, Viettel 2-2), Viettel xếp nhì (hòa Hà Nội 0-0, hòa Nam Định 2-2), còn Hà Nội xếp thứ 3 (hòa Nam Định 1-1, hòa Viettel 0-0).
Bảng D cũng kịch tính không kém, khi 3 đội Long An, Đồng Tháp và Vĩnh Long cùng được 5 điểm nhưng Long An xếp trên do hơn đối đầu so với Đồng Tháp và Vĩnh Long (đều hòa có tỉ số với 2 đội này trong khi Đồng Tháp và Vĩnh Long hoà 0-0). Đồng Tháp xếp nhì (hơn hiệu số với Vĩnh Long là 5/1 so với 5/3) và có hiệu số bàn thắng bại tốt hơn so với đội nhì bảng B là Đắk Lắk (5 điểm sau khi hòa Phố hiến 0-0, hiệu số chỉ là 1/0) nên cùng giành vé nhì thứ 3 (sau Sông Lam Nghệ An và Viettel) lọt vào vòng chung kết. Đội duy nhất của bảng B giành vé dự VCK là U21 Phố Hiến.
Như vậy vòng loại giải Vô địch U21 quốc gia Thanh niên 2020 đã xác định đủ 8 đội vào VCK là Nam Định, Viettel (A), Phố Hiến (B), Công an Nhân dân, Sông Lam Nghệ An (C), Long An, Đồng Tháp (D) và chủ nhà Khánh Hoà. VCK diễn ra tại Nha Trang từ ngày 10/12 đến 19/12.