Ảnh hưởng của bão số 5, sau đợt mưa lớn kéo dài, từ chiều tối 11/9, lũ bắt đầu xuất hiện trên các con sông lớn tại tỉnh Kon Tum và gây ngập trên diện rộng, nhiều hộ dân phải sơ tán khẩn cấp.
Tại huyện Đăk Hà, do ảnh hưởng của dòng nước xoáy suối Đăk Tía dẫn tới sụt lún, xói sâu vào mái bảo vệ taluy âm của đường và ảnh hưởng đến mố cầu của đường liên thôn Kon Kơ Rốk đi thôn Kon Hơ Drế (xã Ngọk Réo).
Thủy điện Đức Nhân xả lũ làm nước đầu nguồn về nhiều gây ngập cầu Đăk Wek (xã Đăk Pxi) và có nguy cơ ngập nhà ở của các hộ dân. Trước tình hình này, chính quyền xã Đăk Pxi đã sơ tán 15 hộ dân thuộc thôn Đăk Rơ Wang.
Lực lượng chức năng rào chắn không cho người qua lại, cảnh báo khu vực ngập sâu.
Quốc lộ 24 tại Km153+170 đoạn qua thôn Đăk Jri và ngầm tràn qua suối Đăk Ơ Nglăng qua xã Đăk Tờ Re (huyện Kon Rẫy) ngập từ 10 đến 20cm.
Đường tỉnh lộ ĐH22 đoạn từ thôn 3 đi thôn 4 (xã Đăk Pne) bị sạt lở taluy dương và đường đi khu sản xuất Đăk Nâm bị ngập. Cầu tràn từ thôn 2 đi thôn 5 (thị trấn Đăk Rve) nước cũng dâng rất cao. Để ngăn không cho người dân qua lại, địa phương phải đặt rào chắn 2 bên đầu cầu cảnh báo.
Tại huyện Tu Mơ Rông, mưa lớn làm ngập cầu tràn thôn Năng Nhỏ 1 trên Tỉnh lộ 678 và cầu Kạch Nhỏ đi qua thôn Năng Nhỏ 2 (xã Đăk Sao) khiến các phương tiện không thể lưu thông.
Một chiếc cầu liên thôn ở xã Đăk Sao cũng bị nước cuốn trôi. Hiện lực lượng chức năng đã lập rào chắn, thông báo cho cho người dân không được lưu thông, đảm bảo an toàn về người và tài sản.
Kon Tum chìm trong biển nước, nhiều cây cầu bị cuốn trôi vì bão số 5.
Tại huyện Đăk Tô, thống kê ban đầu có khoảng 20ha diện tích lúa nước, hoa màu và cây công nghiệp ven sông Đăk Tờ Kan, sông Đăk Pô Kô qua địa phận xã Đăk Trăm (thị trấn Đăk Tô) bị ngập do nước dâng.
Theo dự báo của Đài Khí tượng - Thủy văn Kon Tum, do ảnh hưởng của bão số 5, tại địa phương xảy ra mưa lớn ở nhiều nơi với lượng mưa trung bình từ 60-180mm.
Dự báo trong ngày 12/9, nước lũ gây ngập lụt ở các vùng trũng thấp thuộc các huyện Đăk Tô, Đăk Hà, Kon Rẫy, Đăk Glei, Kon Plông, Tu Mơ Rông và thành phố Kon Tum. Độ rủi ro thiên tai do lũ, ngập lụt ở cấp độ 1.
Trước tình hình diễn biến phức tạp của bão số 5, UBND tỉnh Kon Tum đã có văn bản chỉ đạo về việc chủ động phòng, chống, ứng phó với bão số 5.
UBND tỉnh giao Sở NN&PTNN theo dõi chặt chẽ diễn biến của bão số 5 và hoàn lưu sau bão, tình hình mưa, lũ nhất là tại các huyện Đăk Glei, Kon Plông, Tu Mơ Rông, Kon Rẫy; chủ động phối hợp các đơn vị liên quan tham mưu UBND tỉnh, Ban Chỉ huy Phòng chống thiên tai - Tìm kiếm cứu nạn và Phòng thủ dân sự tỉnh chỉ đạo triển khai các kế hoạch, phương án ứng phó thiên tai theo phương châm 4 tại chỗ "Chỉ huy tại chỗ; lực lượng tại chỗ; vật tư, phương tiện tại chỗ; hậu cần tại chỗ" nhằm giảm thiểu đến mức thấp nhất thiệt hại do thiên tai gây ra.
Văn phòng Thường trực Ban Chỉ huy Phòng chống thiên tai - Tìm kiếm cứu nạn và Phòng thủ dân sự tỉnh tổ chức trực 24/24h, phối hợp với các đơn vị và UBND các huyện, thành phố kịp thời tổng hợp, báo cáo tình hình trong thời gian mưa bão diễn ra, thiệt hại do mưa bão và công tác khắc phục sau thiên tai theo đúng quy định.