Trong phần luận tội, đại diện Viện kiểm sát đã đề nghị điều tra trong giai đoạn hai vụ án này đối với Thứ trưởng Bộ Y tế Đỗ Xuân Tuyên và một số người khác.
Trong bản luận tội các bị cáo, đại diện Viện kiểm sát nêu rõ, thực hiện chủ trương của Đảng, Nhà nước, các cơ quan Nhà nước đã tổ chức hơn 1.000 chuyến bay đưa hơn 200 nghìn công dân từ 62 vùng lãnh thổ về nước là thể hiện chính sách đúng đắn và chủ trương nhân đạo của Đảng, Nhà nước.
Mục đích và ý nghĩa của các chuyến bay đưa công dân Việt Nam ở nước ngoài về nước rất tốt đẹp. Thế nhưng, chủ trương đó đã bị một số cán bộ biến chất làm cho hoen ố, mất uy tín với nhân dân và bạn bè quốc tế.
Điều đáng lên án là một số bị cáo trong nhóm nhận hối lộ đã biến nhu cầu về sự an toàn của người dân thành cơ hội kiếm tiền cho bản thân. Theo đó, một số bị cáo trong nhóm nhận hối lộ đã nhũng nhiễu, gây khó khăn, buộc các doanh nghiệp phải chi phí “bôi trơn” để được cấp phép các chuyến bay đưa công dân về nước.
Bị cáo duy nhất trong số 54 bị cáo bị đại diện Viện kiểm sát đề nghị Hội đồng xét xử tuyên án tử hình về tội nhận hối lộ là Phạm Trung Kiên (cựu Thư ký Thứ trưởng Bộ Y tế Đỗ Xuân Tuyên).
Bị cáo Phạm Trung Kiên (đứng).
Bị cáo Kiên được xác định đã 253 lần nhận hối lộ với tổng số tiền hơn 42,6 tỷ đồng. Trước và trong thời gian diễn ra phiên tòa, bị cáo Kiên đã nộp khắc phục số tiền 15 tỷ đồng.
Trong thời gian làm Thư ký Thứ trưởng Bộ Y tế, từ tháng 12/2019 đến tháng 2/2022, bị cáo Kiên có nhiệm vụ tiếp nhận hồ sơ, trình duyệt, ký văn bản trả lời đến việc cho ý kiến xét duyệt các chuyến bay theo đề nghị của Bộ Ngoại giao cùng các cơ quan, tổ chức, cá nhân và trình Thứ trưởng Bộ Y tế xét duyệt. Sau đó, hồ sơ sẽ được trả về Văn phòng Bộ Y tế và các đơn vị liên quan...
Cũng trong bản luận tội, đại diện Viện kiểm sát đã đề nghị Hội đồng xét xử kiến nghị cơ quan điều tra mở rộng điều tra giai đoạn hai của vụ án này.
Theo quan điểm của đại diện Viện kiểm sát, từ hành vi phạm tội của bị cáo Kiên thấy rằng, cần phải kiến nghị để điều tra làm rõ hành vi và trách nhiệm của Thứ trưởng Bộ Y tế Đỗ Xuân Tuyên, là người ký công văn chấp thuận gửi Bộ Ngoại giao duyệt cấp phép cho các chuyến bay để xử lý trong giai đoạn hai của vụ án.
Một trường hợp khác cũng bị đại diện Viện kiểm sát đề nghị điều tra trong giai đoạn hai của vụ án này là bà Ngô Thị Lan Phương (chị bị cáo Ngô Quang Tuấn, cựu chuyên viên Vụ Hợp tác quốc tế, Bộ Giao thông Vận tải).
Bị cáo Tuấn đã có hành vi nhận hối lộ số tiền hơn 1,8 tỷ đồng, bị đại diện Viện kiểm sát đề nghị mức án từ 5 đến 6 năm tù.
Cáo trạng xác định, quá trình đề xuất giải quyết cấp phép các chuyến bay combo, bị cáo Nguyễn Thị Tường Vy (Giám đốc Công ty TNHH một thành viên ATA Việt Nam) đã liên hệ, đặt vấn đề và được bị cáo Tuấn đồng ý giúp giải quyết cấp phép các chuyến bay. Sau đó, bị cáo Vy đã 5 lần chuyển tiền cho bị cáo Tuấn tổng cộng 1,3 tỷ đồng vào tài khoản của bà Ngô Thị Lan Phương.
Trong số tiền 1,3 tỷ đồng, có 700 triệu đồng của bị cáo Trần Thị Mai Xa (Giám đốc Công ty MasterLife) và 600 triệu đồng của bị cáo Nguyễn Tiến Mạnh (Phó Giám đốc Công ty cổ phần thương mại Du lịch Lữ Hành Việt) chuyển cho bị cáo Vy để đưa hối lộ cho bị cáo Tuấn.
Để che giấu hành vi nhận hối lộ, ngày 18/1/2022, bị cáo Tuấn yêu cầu chị gái là bà Ngô Thị Lan Phương chuyển khoản lại 1,1 tỷ đồng cho bị cáo Vy. Ngày 19/1/2022, bị cáo Tuấn yêu cầu bị cáo Vy rút 1,1 tỷ đồng đưa lại cho mình tại quán cafe gần trụ sở Bộ Giao thông Vận tải.
Tại phiên tòa, bà Ngô Thị Lan Phương giao nộp cho Hội đồng xét xử một tập chứng cứ là tài liệu tin nhắn và cho rằng, đây là tin nhắn trao đổi giữa bà và bị cáo Vy thể hiện giao dịch dân sự là vay mượn và góp vốn mua đất.
Đại diện Viên kiểm sát nhận thấy, hành vi của bà Ngô Thị Lan Phương có dấu hiệu của tội che giấu tội phạm nên đề nghị Hội đồng xét xử kiến nghị cơ quan điều tra điều tra làm rõ trong giai đoạn hai của vụ án.
Bị cáo Hoàng Văn Hưng (đứng).
Một bị cáo khác trong vụ án này là Hoàng Văn Hưng (cựu Trưởng phòng 5, Cơ quan An ninh điều tra) bị đại diện Viện kiểm sát đề nghị Hội đồng xét xử tuyên phạt từ 19 - 20 năm tù về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản” với số tiền 800.000 USD.
Ngoài hành vi lừa đảo, quá trình điều tra, bị cáo Hoàng Văn Hưng thừa nhận, đã tiết lộ thông tin là điều tra viên chính vụ án “chuyến bay giải cứu” nên đại diện Viện kiểm sát nhận thấy, hành vi này của bị cáo Hưng có dấu hiệu của tội xâm phạm hoạt động tư pháp, qua đó kiến nghị điều tra và xử lý trong giai đoạn hai của vụ án.
Quá trình luận tội các bị cáo, đại diện Viện kiểm sát nêu quan điểm, một số bị cáo khác có dấu hiệu của tội rửa tiền nên đề nghị tiếp tục điều tra làm rõ trong giai đoạn hai của vụ án.