Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đang điều tra vụ án Lừa đảo chiếm đoạt tài sản; Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí; Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi xảy ra tại Công ty Cổ phần Tập đoàn Yên Khánh, Tổng Công ty Cửu Long và các đơn vị có liên quan trong việc đấu giá và thu phí tuyến cao tốc TP.HCM - Trung Lương.
Trưa 14/8, trả lời VTC News, Thiếu tướng Tô Ân Xô, Chánh Văn phòng kiêm người phát ngôn của Bộ Công an xác nhận Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an vừa ra quyết định khởi tố bị can, bắt tạm giam ông Nguyễn Hồng Trường, cựu Thứ trưởng Bộ GTVT, về tội "Vi phạm quy định về sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát lãng phí" theo điều 219 Bộ luật Hình sự 2015.
Bên cạnh đó, Cơ quan CSĐT Bộ Công an ra quyết định khởi tố 3 bị can khác liên quan về cùng tội danh nêu trên, trong đó có ông Đinh La Thăng, nguyên Bộ trưởng Bộ GTVT, ông Nguyễn Chí Thành, nguyên Phó vụ trưởng vụ Tài chính, Bộ GTVT; Lê Trung Cường, chuyên viên Vụ Tài Chính, Bộ GTVT.
Ông Nguyễn Hồng Trường.
Tháng 9/2019, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc ký quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức xóa tư cách nguyên Thứ trưởng Bộ GTVT giai đoạn 2011 - 2015 và 2016 - 2017 đối với ông Nguyễn Hồng Trường do có vi phạm, khuyết điểm nghiêm trọng trong công tác và Ban Bí thư đã thi hành kỷ luật về Đảng.
Ông Nguyễn Hồng Trường trước đó cũng bị Ban Bí thư kỷ luật bằng hình thức cách chức ủy viên Ban cán sự đảng Bộ GTVT nhiệm kỳ 2011 - 2016, 2016 - 2021.