Filip Nguyễn dương tính với SARS-CoV-2, không thể ra sân cùng đồng đội khi Slovan Liberec đến làm khách trên sân của Hoffenheim ở lượt trận thứ 3, bảng L, Europa League. Thay thế thủ thành Việt Kiều là thủ môn Hasalik.
Thủ thành Hasalik thay Filip Nguyễn bắt chính nhận 5 bàn thua.
Trước đại diện của Đức vượt trội hoàn toàn, Slovan Liberec nhận bàn thua đầu tiên ở phút 22. Người lập công cho Hoffenheim là Dabbur. Và 8 phút sau, cũng chính Dabbur nâng tỷ số lên 2-0 cho đội chủ nhà.
Sang hiệp 2, Hoffenheim có thêm 3 bàn thắng nữa do công của Grillitsch phút 59 và cú đúp của Adamyan ở các phút 71 và 76.
Đây là trận thứ 2 liên tiếp đội bóng của Cộng hòa Séc nhận tới 5 bàn thua. Trước đó là trận thua Sao Đỏ Beograd 1-5.
Tại bảng L lúc này, với những gì các đội đã thể hiện, có thể khẳng định cơ hội đi tiếp của Slovan Liberec là không cao. Filip Nguyễn và các đồng đội mới chỉ có 3 điểm từ chiến thắng 1-0 trước Gent ở ngày ra quân và đứng thứ 3 sau Hoffenheim (9 điểm), Sao Đỏ Beograd (6 điểm).
Xếp hạng bảng L sau lượt trận thứ 3.
Không chỉ lỡ trận đấu với Hoffenheim, Filip Nguyễn còn lỡ cơ hội lên tuyển Cộng hòa Séc ở đợt tập trung tháng 11 này.
Ngày 3/11, Filip Nguyễn vui mừng thông báo anh có lần thứ ba liên tiếp được HLV Jaroslav Silhavy triệu tập lên tuyển Séc, sau lần tập trung đầu tiên cách đây hai tháng.
Trong hai lần triệu tập trước đó, Filip Nguyễn đều không có cơ hội ra sân. Người gác đền thuộc biên chế Slovan Liberec phải ngồi dự bị hai trận tại Nations League khi Séc thua Scotland. Khi tuyển Séc giao hữu với Đảo Síp, Filip Nguyễn cũng phải ngồi ngoài cả trận.