Năm 2021, Đại học Y Hà Nội tuyển 1.150 chỉ tiêu. Trường sử dụng hai phương thức chính để xét tuyển, gồm: dựa vào kết quả thi tốt nghiệp THPT áp dụng với tất cả ngành và xét kết hợp chứng chỉ tiếng Anh hoặc tiếng Pháp quốc tế đối với ngành Y khoa đào tạo tại Hà Nội.
Trong lần đầu sử dụng phương thức xét tuyển kết hợp, Đại học Y Hà Nội yêu cầu thí sinh phải có chứng chỉ tiếng Anh hoặc tiếng Pháp quốc tế hợp lệ, giá trị sử dụng ít nhất đến ngày nộp hồ sơ (dự kiến trước 15/6).
Khi đạt điều kiện bắt buộc về chứng chỉ tiếng Anh hoặc tiếng Pháp, thí sinh sẽ được áp dụng mức trúng tuyển thấp hơn không quá 3 điểm so với điểm chuẩn ngành Y đa khoa của phương thức xét theo điểm thi tốt nghiệp THPT. Tất nhiên, thí sinh vẫn phải đạt tổng điểm bằng hoặc cao hơn ngưỡng đảm bảo chất lượng đầu vào do trường quy định.
Trường hợp không tuyển đủ chỉ tiêu bằng xét kết hợp, trường sẽ dành số chỉ tiêu còn lại xét tuyển ngành Y khoa theo điểm thi.
Ngoài hai phương thức trên, Đại học Y Hà Nội vẫn tuyển thẳng, ưu tiên xét tuyển theo quy định của Bộ GD&ĐT. Theo đó, với ngành Y khoa và Răng Hàm Mặt, trường tuyển thẳng thí sinh đạt huy chương Olympic quốc tế các môn Toán, Hóa, Sinh, Lý, Tin; thí sinh dự kỳ thi chọn đội tuyển quốc gia thi quốc tế những môn trên và thí sinh đoạt giải nhất trong kỳ thi học sinh giỏi quốc gia môn Toán, Hóa, Sinh, Lý, Tin, tiếng Anh.
Với ngành Y khoa phân hiệu Thanh Hóa, thí sinh cần đạt giải nhì quốc gia trở lên. Các ngành còn lại, thí sinh chỉ cần đạt giải ba quốc gia trở lên.
Thí sinh trong đội tuyển quốc gia tham dự cuộc thi khoa học kỹ thuật quốc tế và có chứng chỉ IELTS 6.5 trở lên cũng được xét tuyển thẳng vào ngành học phù hợp với đề tài dự thi. Tuy nhiên, các em phải báo cáo đề tài dự thi bằng tiếng Anh trước hội đồng tuyển sinh trường.