Cũng giống như những "người đàn anh" RSV4 và Tuono V4, tên phía sau - “Factory” là để chỉ phiên bản có thông số kỹ thuật cao hướng đến mục đích thể thao nhiều hơn.
Cụ thể, chiếc Tuono 660 Factory được trang bị động cơ xi lanh đôi song song 659cc với động cơ đốt trong 270 độ được tăng thêm 5 mã lực đẩy công suất cực đại lên tới 100 mã lực, tương đương chiếc RS660 trong khi mô men xoắn tối đa vẫn không đổi ở mức 67 Nm tại vòng quay 8.500 vòng/phút, 80% mô men xoắn tại vòng quay 4.000 vòng/phút hoặc 90% mô men xoắn tại vòng quay 6.250 vòng/phút.
Khả năng tăng tốc mạnh mẽ hơn nhờ có bánh răng truyền động ngắn hơn, với đĩa xích trước 16 bánh răng (ít hơn 1 răng so với Tuono 660) với đĩa xích sau 43 bánh răng.
Hệ thống truyền động là hộp số 6 cấp giờ được trang bị sang số nhanh "up-and-down".
Ngoài việc nâng công suất và chuyển số ngắn hơn, chiếc Tuono 660 Factory còn được giảm trọng lượng, bộ pin lithium-ion góp phần giảm 2kg xuống còn 181 kg.
Chiều cao yên được thiết lập ở mức 820 mm như trên chiếc Tuono 660.
Dung tích bình xăng vẫn giữ nguyên 15 L.
Hệ thống treo trên chiếc Tuono 660 Factory bao gồm phuộc trước Kayaba 41 mm và giảm xóc Sachs với bình dầu, cả 2 đều có thể điều chỉnh nén, phục hồi và tải trước; nhà sản xuất cho biết thiết lập này phù hợp hơn cho việc chạy thể thao.
Bánh xe kích thước 17 inch được trang bị lốp trước 120/70 và lốp sau 180/55, ngoài ra còn có thêm lựa chọn 180/60 cao hơn.
Phanh bao gồm đĩa phanh đôi 320 mm và kẹp Brembo trong khi bánh sau có đĩa phanh 220 mm với kẹp Brembo và cả 2 đều sử dụng dây phanh bện kim loại.
Giống như chiếc Tuono 660 tiêu chuẩn, chiếc Tuono 660 Factory có 5 chế độ lái có thể tùy chỉnh, tương tự chiếc RS660 nhưng biến thể Factory bổ sung thêm bộ đo lường quán tính 6 trục (IMU) để tăng cường tăng cường cho bộ hỗ trợ người lái Aprilia APRC bao gồm kiểm soát lực kéo, kiểm soát bánh xe và đặc biệt là ABS khi vào cua.
Ngoài ra, trên chiếc Tuono 660 Factory còn có phanh động cơ có thể điều chỉnh và kiểm soát hành trình.
Việc bổ sung IMU 6 trục cũng cho phép đèn pha LED sử dụng chức năng uốn cong ánh sáng với DRL, cho phép điều chỉnh góc của ánh sáng để phù hợp với góc chiếu khi vào cua.
Tuono 660 Factory sẽ chỉ được cung cấp màu sơn Factory Dark, ngoài ra, sự khác biệt giữa bản Factory và bản thường còn đến từ bộ quây yên xe giống như trên chiếc RS660./.