Theo chỉ tiêu kế hoạch thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế năm 2018 đã được Tổng cục Thuế giao cho 63 Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, trong năm 2018 các Cục Thuế tiến hành thanh tra 7.227 doanh nghiệp, đồng thời kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế 81.914 cuộc.
Trong đó, Cục Thuế thành phố Hà Nội sẽ thực hiện thanh tra 1.226 doanh nghiệp; 17.324 cuộc kiểm tra; Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh sẽ thực hiện thanh tra 1.556 doanh nghiệp; 22.433 cuộc kiểm tra.
Bên cạnh đó, một số tỉnh có điều tiết về ngân sách Trung ương được giao nhiệm vụ kiểm tra trung bình từ 1.122 cuộc đến trên 2.546 cuộc như: Cục Thuế tỉnh Quảng Ninh là 1.167 cuộc; Cục Thuế tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu là 1.383 cuộc Cục Thuế thành phố Hải Phòng là 2.087 cuộc; Cục Thuế tỉnh Bình Dương là 2.467 cuộc; Cục Thuế thành phố Đà Nẵng là 2.493; Cục Thuế tỉnh Đồng Nai là 2.546 cuộc...
Trong 5 tháng đầu năm 2018, qua công tác thanh tra, kiểm tra 17.700 cuộc, cơ quan Thuế phát hiện nhiều sai sót trong quá trình khai thuế của người nộp thuế, do đó đã yêu cầu phải khai bổ sung, phạt theo quy định của pháp luật. Tổng số thuế tăng thu qua thanh tra, kiểm tra là trên 4.100 tỷ đồng; giảm khấu trừ hơn 324 tỷ đồng; giảm lỗ hơn 5.700 tỷ đồng; tổng số tiền thuế nộp vào ngân sách là hơn 1.600 tỷ đồng.
Về công tác kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan Thuế, đến hết tháng 5/2018, đã kiểm tra được hơn 164.600 hồ sơ; xử lý điều chỉnh thu vào ngân sách 72,85 tỷ đồng; giảm khấu trừ là 27,31 tỷ đồng; giảm lỗ 16,83 tỷ đồng.
Về công tác thanh tra, kiểm tra tại doanh nghiệp, đến ngày 21/5/2018, toàn ngành đã tiến hành thanh tra, kiểm tra được 75 doanh nghiệp có hoạt động giao dịch liên kết; qua đó đã truy thu, truy hoàn và phạt hơn 323 tỷ đồng; giảm lỗ hơn 1.800 tỷ đồng; giảm khấu trừ 1,65 tỷ đồng và điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế trên 837 tỷ đồng. Riêng thanh tra, kiểm tra hoàn thuế giá trị gia tăng, đến ngày 21/5/2018, tổng số quyết định hoàn thuế của 63 Cục Thuế đã được thanh tra, kiểm tra là hơn 1.800 quyết định, tương ứng với số tiền hoàn là trên 11.000 tỷ đồng.